APROSOFA cuenta con 26 Filiales en todo el territorio nacional, siendo las de la zona central las siguientes:

1.- APROSOFA Filial Estado Mayor General de la Fuerza Aérea

2.- APROSOFA Filial Comando de Fuerzas Especiales

3.- APROSOFA Filial Comando de Doctrina y Educación Militar

4.- APROSOFA Filial Comando de Sanidad Militar

5.- APROSOFA Filial Escuela Militar “Cap. Gral. Gerardo Barrios”

6.- APROSOFA Filial Dirección General de Reclutamiento y Reserva

7.- APROSOFA Filial Comando de Apoyo Logístico de la Fuerza Armada

8.- APROSOFA Filial Comando de Apoyo de Transmisiones de la Fuerza Armada

9.- APROSOFA Filial Brigada Especial de Seguridad Militar